根据上述职责，区教育局设3个内设机构：
　　（一）行政审批办公室
　　负责综合协调教育局重要政务、事务；研究教育改革与发展战略，对重大问题进行政策调研；负责规划起草地方性教育法规、教育规章制度和政策及相关材料的综合；负责重要会议的组织安排和议定事项的催办工作；负责信息的保密，综合和宣传工作；负责局机关内部工作的管理；负责机关精神文明建设工作和其他社会事务工作；负责文秘、保密、档案工作。
　　负责有关学校安全稳定工作计划、规划制度。检查、指导、落实安全稳定措施，指导教育系统保卫干部开展安全教育、安全检查工作，落实师生安全防护自救训练；协助相关部门推进整治校园周边环境，查办涉教案件。
　　负责区教育文化体育系统所属单位党的组织、思想建设、党风廉政建设及教育系统领导干部的考核、培训及日常管理工作；宣传党的路线、方针、政策，开展思想政治教育和精神文明单位建设；负责纪律监察工作，教职工的普法教育和行风工作；负责行业工会、妇女、计划生育工作，城区中小学团组织工作；负责离退休老干部和关心下一代工作委员会工作。
　　负责全区各企、事业单位及个人、社会团体办学的审批和管理。
　　（二）教育科
　　负责综合管理全区九年义务教育、高中教育、幼儿教育、特殊教育；负责全区小学、初中、高中的学籍管理和小学、初中毕业证发放工作，组织高中会考工作；负责教育科研的指导工作；负责推进素质教育，深化课程改革，加强学校管理，提高办学水平；负责全区职业技术教育、职工教育、农民教育和电大工作；负责协调指导评估有关部门的职工教育工作，职工岗位培训计划和教师培训工作；负责社会主义新农村建设及农民文化技术学校建设和实用技术培训。
　　负责全区中小学校（园）德育工作，组织指导全区中小学校（园）实施《德育纲要》；负责德育系列领导和教师队伍建设及培训工作；负责对全区中小学校德育工作的指导、检查、评估；负责全区中小学卫生、体育、艺术教育和对卫生保健所的业务指导，参与体育、卫生、艺术教育有关的基础设施建设、教材选用、专业教师培训；负责校外教育工作和民族教育工作；负责对全区教育发展及中小学校贫困学生的捐资助学工作。
　　负责制订中小学信息技术教育发展规划；负责全区教育信息网站的管理及网络安全管理，协助有关部门组织教师开展网络远程继续教育；指导教学改革；负责指导信息技术教育的组织和实施；课程资源开发及中小学校园网络建设；负责组织信息技术培训，信息技术的技术指导；信息技术教育的常规管理；中小学校信息技术教育的评估；中小学现代远程教育工程的应用及管理。
　　（三）综合科
　　负责机构、编制、人事、劳资工作；负责制定全区中小学教师培训计划和年度工作计划并组织实施；负责教师继续教育和骨干教师队伍管理工作；负责教职工的调配、年度考核、离退休人员审核、统计报表、岗位培训及大中专毕业生的就业指导工作；负责教师职务评定工作；负责人事体制改革工作；负责教职工队伍建设、档案管理、综合表彰奖励工作。
　　负责全区教育发展的规划和年度计划，年度招生计划；负责填报系统事业单位统计报表及编制统计资料；负责全区中小学网点布局调整，改善办学条件的业务指导、评估工作；负责管理上级行政主管部门和本区下拔的各项经费，城区事业单位的年度经费预算；负责对城区事业单位的财务审计、检查和对国有资产的管理；负责收费项目及标准的审批、配合有关部门加强收费的管理。
　　负责全区公办学校、幼儿园、教育事业单位房产产权、产籍、档案、土地使用权的管理；协助有关部门做好公办学校校舍安全及危房技术鉴定工作；负责基建及校舍加固、维修工程勘察、设计、施工现场管理、质量监督决算项目签证审核工作。
　　区政府派驻机构
　　教育督导室
　　阿城区人民政府教育督导室设在区教育局。其主要职能是代表区政府对镇（街）政府（街道办事处）和学校贯彻国家和省有关教育方针、政策、法规的执行情况进行监督、检查、评比、指导，并向区政府和教育行政部门反馈情况，提出建议，培训督导人员做好教育督导理论研究工作。